貴船神社（きふねじんじゃ）の創建の年代は不明とのことですが、社伝によると神武天皇の皇母、 玉依姫（たまよりひめ）が 水源を求めて淀川、鴨川、貴船川をさかのぼって 当地に祠を造ったのがはじまりといわれているそうです。
貴船川のたもとに建ち、鴨川の源流にある貴船神社は古代から 京都の水源を守る水の神様として信仰を集めてきたそう。 元々、社殿は現在の奥宮にあったそうですが、貴船川の氾濫で流失して1055年に現在の場所へ移転したとのこと。
また、貴船神社は絵馬発祥の社ともいわれています。